Ya vi que utilizaste template database lo que me hace pensar que quieres que se carguen datos iniciales durante la "instalación", pero estas orientando mal el problema, para eso que estas haciendo necesitas versionar tus esquemas y cargar el mas reciente probado de esta forma siempre puedes regresa al estado anterior si tienes problemas. Mi sugerencia es que vayas por construir una solución que pueda controlar el versionado o buscar algún producto que te resuelva ese problema.
Cita: Te entiendo NSD... principalmente, y repito, aunque se que puede no ser la mejor opción por temas de mantenimiento, escalabilidad, por ejemplo ... (soy consciente de ello), lo decidido porque cada una de esas instancias podrá ser modificada y ampliada por cada uno de los "propietarios" ...
Es la opción acertada si quieres flexibilidad en cada instancia para agregar servicios que no tendrán todos tus clientes, aquí el punto flaco es el mantenimiento de las "instancias" y como comente vas a requerir un poco mas que template database.