Solucionado, al final ha quedado de la siguiente manera y funciona perfectamente:
Código HTML:
function cartaInd(id){
var n1=prompt("Indique el Nº de Socio al que va dirigido el escrito");
var url="fpdf/print/print_carta.php?id="+id+"&cli="+n1;
if (n1!=null && n1!='')
{
searchWin = window.open(url,'Carta');
}
}
Muy agradecido.
Jesús B.