Escribir en un textarea a través de una funcion

[NSD]

El problema no son las comillas simples, el problema es de concepto.

Tanto IN como NOT IN no reciben un único valor sino un conjunto de valores.
No puedes poner IN(?) porque dentro del IN van N elementos, es decir, lo correcto seria poner NOT IN (?, ... ,?) donde los puntos suspensivos representan a los N signos de interrogacion.

En el momento que armas la query para preparar debes poner tantos signos de pregunta como valores tengas, luego cuando vas a enlazar los parametros, debes enlazar tantos como tengas.
En este caso particular "join" no te sirve de nada, lo que necesitas es algo parecido al str_repeat de php, no recuerdo si hay alguno en jsp nativo que haga esto, sino puedes construirlo fácilmente con un for.