Teniendo en cuenta la necesidad la mejor solución a mi criterio no es ni json ni mysql, sino una base de datos clave-valor como por ejemplo
http://redis.io/, este tipo de base de datos alcanza las mejores performances, son simples de mantener y en tu caso resuelven el problema a la perfeccion.
No me arriesgo (ni invento nada) al afirmar que una base de datos de este tipo alcanzara una performance mayor que las dos alternativas planteadas, cuantos mas usuarios concurrentes tengas mas se notara la diferencia.