Por si alguien tiene mi misma duda en un futuro dejo la respuesta que la he encontrado.
Era bastante sencilla la verdad, pero me ha costado :)
La solución es mediante una "expresión regular" pasarlo cómo parametro las palabras exactas que quieras. Con un ejemplo se ve mejor.
Código PHP:
Ver original/*Routes.php*/
$route['(pagina)'] = controlador_de_paginas/$1;
$route['(pagina)/(subpagina)'] = controlador_de_paginas/$1/$2;
Veo una mejor solución a la de poner como parámetros (:any) puesto que así dejo definidas las páginas que realmente quiero y puedo meter un módulo dentro sin tener que definir todas las rutas de este módulo puesto que seguiría la ruta controlador/método/variables
Espero le sirva a alguien.
Un abrazo