A ver, dices que tienes un formulario, ¿igual es nuestra obligación adivinarlo verdad?
 
Y bueno, supongo que estarías recibiendo algunas variables de él, ¿cuales? 
Lo que dices aquí es lógica pura: 
 Cita:  Es aqui donde tengo el problema, como puedo hacer para decirle al query que si el usuario elije todas las opciones, no se aplique la condicion final: 'and DIR_REMICION_M_REGISTRO' esto con el fin de que se busquen los documentos desde: fecha_desde hasta: fecha_hasta de todos los departamentos
    Muy simple pues, suponiendo que ya tienes las variables resueltas:   
Código PHP:
Ver original- if (!(/* todas las opciones */)) { 
-   $sql .= ' CONDICIONAL EXTRA '; 
- } 
Bien ahí, ¿que más tenemos que ir adivinando para entender?