Cita: Entonces es correcto decir que al hacer rollback se elimina un id?
No.
El valor del LAST_ISERT_ID() no se restaura, pero el comportamiento de visibilidad del valor generad puede cambiar si el INSERT es una query simple, o si se usa en un STORED PROCEDURE, STORED FUNCTION o un TRIGGER.
Hay particulairdades del tema explicadas en el manual de referencia:
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6...last-insert-id