Asi es, esto depende basicamente de como desarrollaste tu nueva pagina, en algunos casos no funcionanra que solo la muevas de carpta, sino que tendras que ajustar algunas configuraciones ya que tu sitio no estara mas en
www.midominio.com/pruebas ,sino en el directorio raiz, te recomiendo antes de hacer cualquiera de estos cambio generate un respaldo completo de tu sitio para que en caso de ser necesario tengasde donde restaurarlo.
Saludos.