Código PHP:
$link1 = mysql_connect(..);
$link2 = mysql_connect(..);
mysql_query('SELECT...', $link1);
mysql_query('SELECT..', $link2);
De todos modos, deberías pensar en utilizar PDO o MySQLi.
Cita: Advertencia
Esta extensión está obsoleta a partir de PHP 5.5.0, y será eliminada en el futuro. Deberían utilizarse en su lugar las extensiones MySQLi o PDO_MySQL.