Uffff. Me queda mucho por entender.
Bien he trasteado un poco y ahora lo que baja es un archivo único, pero que lleva la información que tenía que bajarse en archivos independientes. Es decir no sé porque
pero el archivo inicial o no se cierra y agrega la información del siguiente script o se vuelve a abrir y agrega la información.
¿Qué he cambiado del código? He eliminado en los dos scripts la función die().
Me resuelve el problema, pero me disgusta no profundizar para entender el asunto.