Mira, estás complicando las cosas demasiado. Cuando dije un JOIN multiple, me refiero a un esquema como este:
Si razonas este esquema, ubicando las tablas que describes tu mismo en tu ejercicio, en las posiciones adecuadas:
Cita: tengo tres tablas: "estudiante", que tiene como llave principal "cedula_identidad"; la tabla "materia" que tiene como llave principal "codigo_materia", y finalmente la tabla, "estudiante_materia" que almacena ambos campos. Quiero realizar una consulta ingresando en el campo "cedula_identidad",
tendrás el problema resuelto.
Lee con cuidado el ejemplo, haz los reemplazos que quieras, y problema terminado.