Suponiendo que tu consulta esté bien, es que es mucho lío y ahora no la puedo probar.
Lo primero, creo que deberías ordenar los resultados por fecha de inicio creciente, partiendo de esa base, si lo piensas pueden sucerder 2 casos.
1. Sólo obtienes un resultado, la estancia está contenida en una temporada, la duración es la resta de las fechas elegidas.
2.Obtienes más de una temporada. En este caso, la problemática está en los extremos (en la primera y últimas temporadas de la consulta), puesto que el resto están contenidas totalmente entre las fechas elegidas por el usuario y puedes calcular su duración fácilmente con los datos de tus tablas.
Así que, para calcular el tiempo de la estancia de los extremos es fácil.
-Para la primera temporada, sería fecha de fin de la temporada - fecha de inicio del usuario
-Para la última temporada puedes mirar obtenerlo como la resta del total menos lo que llevas calculado o, fecha de fin del usuario - fecha de inicio de la temporada.
Para operar con fechas lo puedes hacer en php con datediff por ejemplo, o puedes aprovechar la consulta para que calcule esos datos y tú recurrirás a ellos cuando los necesites.
http://php.net/manual/es/datetime.diff.php http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/...functions.html