ASP.Net es fundamentalmente diferente de ASP clásico.
No hay tal cosa como "includes" en ASP.Net.
Este post explica cuales son las alternativas y las formas de trabajar en ASP.Net (webforms) para incluir codigo externo dentro de una página ASPX:
http://stackoverflow.com/questions/8...-side-includes
Y las "funciones generales" son parte del .Net Framework y no necesitan ser incluidas desde ninguna ubicacion externa.
Si explicás mejor que funciones estás buscando seguramente te puedo indicar qué API del .Net Framework usar.
Aparte de eso, te sugiero que te olvides de ASP clásico. ASP.Net no tiene nada que ver con eso. Incluso te diría que uses MVC en lugar de webforms.