Recomendaciones para Sqlite

[Ghostman95]

Buenas noches, soy algo nuevo y quería por favor que me aconsejaran con Sqlite.
Estoy desarrollando con Phonegap para Android, y requiero de las bases de datos Sqlite, pero por lo que he leido son algo diferentes como por ejemplo, en las clausas where que estan limitadas( no se de que forma), que no existen procedimientos almacenados y segun lei en la documentacion de la pagina, no es muy recomendable poner el Auto Increment.
Entonces espero me puedan colaborar con los siguientes temas.
¿Que me pueden recomendar para iniciar Sqlite, que buenas practicas se pueden hacer con el?
¿Debido a que no existen procedimientos almacenados como se llamarían las consultas correctamente ( como un Insert into...) o como se podrian simular?
¿Si no es recomendable poner el auto increment entonces se deberian poner Triggers?
Espero me puedan ayudar con estas dudas.
Muchas gracias.