Hola,
La autenticación Windows no debería afectar el uso de servicios WCF, según la traza se puede ver que no se están encontrando ciertos recursos como js, fuentes, css. He tenido problemas anteriormente cuando agrego js o css en páginas maestras o Layouts (hablando de MVC) todo funciona perfecto trabajando con localhost pero cuando se hacía la publicacion se distorcionaban las rutas, asegúrate que se mapean correctamente las rutas de los js/css, puedes apoyarte colocando alertas javascript durante la carga, por otro lado puede apoyarte con
log4net para trazar desde el servidor lo que llega y pintarlo en un fichero,
Saludos.