Buenas,
SQLite no permite por si misma encriptar la base de datos ni soporta el concepto de autenticación por user/password.
Sin embargo existen soluciones externas para hacerlo.
http://www.andbrain.com/product/sqlitecrypto/
De pago, 20 dolares.
https://www.zetetic.net/sqlcipher/
Tiene versión de pago y versión "Community"
En cualquier caso te recomiendo esta lectura:
http://www.sqlite.org/whentouse.html
Un saludo