No veo de dónde salen "SISTEMAS" y "CONTABILIDAD", según yo, son elementos fijos y no forman parte del array, por lo que tu código podría ser más o menos:
Código PHP:
Ver original<?php
// Esta línea es solo ejemplo para que veas cómo cambiar de modo PHP a salida normal (HTML)
?>
<table id="tabulacion">
<thead>
<tr>
<th>SISTEMAS</th>
<th>CONTABILIDAD</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<?php
//
foreach($procesos as $sistema => $contabilidad) {
// Usa la estructura HEREDOC para facilitar la salida
echo <<<EOT
<tr>
<td>$sistema</td>
<td>$contabilidad</td>
</tr>
EOT;
}
echo <<<EOT
</tbody>
</table>
EOT;