Lo primero que hay que hacer para depurar un script es saber, con certeza, los valores que estás recibiendo. Antes de procesar los datos incluye la siguiente línea:
Ahí verás que tanto checkbox como select deberían tener un índice y es el que te servirá para relacionarlos, ejemplo:
Código PHP:
Ver originalforeach($_POST['CHKid_trans'] as $indice => $idtmg) {
$califica = $_POST['LSTreputacion'][$indice];
}