Hola:
Cuando ejecutas un comando desde Runtime..exec(), la salida estándar se redirige a tu programa java, por lo que tu comando linux "mysqldump ... .> fichero" no redirige la salida al fichero, sino a tu programa java. Tendrías que leerla y escribirla en fichero.
Aquí tienes cómo hacerlo
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...MySQL_con_Java
Se bueno.