Si ya habéis restaurado las metas, simplemente solicitad una nueva exploración como Googlebot desde las WMT y solicitar que se envíen al índice todas las páginas de la página principal y todos las páginas vinculadas.
Esta función está para eso, para informar a Google de cambios efectuados en la página web, en un proyecto como el vuestro que tiene una frecuencia de actualización considerable y que amén tiene ya tras sus espaldas unos cuantos años de actividad, la indexación no creo que tarde demasiado en verse plasmada en las propias estadísticas de rastreo de las WMT.
Tras esto, simplemente os toca sentaros y esperar... no hay mucho más que hacer.
No creo que tengáis mucho problema en recuperar posicionamientos perdidos, pensad que la columna vertebral del posicionamiento de vuestro proyecto ya era sólida hace tiempo y si bien habéis podido experimentar algunos descensos localizados en determinadas palabras clave, por lo que he podido comprobar en Rivas y Arganda con las pocas consultas que he realizado no veo que el problema sea tan sumamente grave.
En resumen, CALMA... que no es el fin
