Como hacer muchos update en una misma tabla en php y mysq

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Luego creo mi tabla que va a recibir los input y a multiplicar las lineas segun las valla necesitando:

Código HTML:

<section class="formulario" id="formulario"><form action="exito_alerta.php" method="post" enctype="multipart/form-data"><table id="tablatracking"> 
<tbody> 
<tr> 
<td align="left"><input onclick="agregarUsuario()" type="button" value="Agregar Registro" id="boton_agregar"></td> 
</tr>
<tr> 
<td width="228" id="titulo">Empresa<br>Ej. UPS, FedEx, etc.</td>
<td width="290" id="titulo">Codigo<br>Tracking</td>
<td width="33" ></td> 
<td width="24" ></td> 
<td width="24" ></td> 
<td width="74" ></td>
<td width="74" ></td>
<td width="74" ></td>
<td width="75"></td>
</tr> 
</tbody> 
</table> 
Seleccione la Factura a enviar <a href="http://www.forosdelweb.com/f18/pasos_invoice.pdf" target="_blank">¿Cómo lo hago?</a> <input name="upload" type="file" required>*
<br>
<br>
Solo en caso de requerir enviar facturas adicionales<br>
Factura 2: <input name="upload2" type="file"><br>
Factura 3: <input name="upload3" type="file"> 
<br>
<br>
<input type="submit" value="Registrar" id="boton_enviar" />  
</form>  </section>