generar secuencia de arrays desde uno mayor

[zhenher]

Hola a los que lean, estoy realizando un ejercicio, parte del mismo consiste en:

- tengo un archivo txt del que recibo una serie de líneas a través de un BufferedReader

- dichas líneas contienen datos que son letras separadas por comas

- las líneas pueden variar en cantidad, pero su extensión es siempre múltiplo de tres, ya que con esos tres datos puedo construír una secuencia de aminoácidos (que son de cuatro tipos)

- por ejemplo, una secuencia sería (la letras representan 'bases nitrogenadas', adenina, citosina, timina y uracilo):
c,t,g,a,g,u,c,a,t

- la anterior secuencia debería poder separarla en 'c t g' 'a g u' 'c a t'

- lo que consigo hacer es obtener las dimensiones de las líneas con un método; después puedo mostrar cada línea con un for, y generar otro array quitando las comas con los valores:

String line[] = new String[rows];
for (int h = 0; h < rows; h++)
{
line[h] = br.readLine();

System.out.println("Línea N°" + h + ": " + line[h]);
System.out.println("Extensión de la línea N°" + h + " es igual a: " + line[h].length());

String test[] = line[h].split(",");

for (int u = 0; u < columns * 3; u++)
{
System.out.println("Posición:" + u + "- Valor: " + test[u]);
}
}

- lo que no consigo hacer es secuenciar de a tres valores en un nuevo array a partir de cada línea, para poder manipular desde allí otros objetos; intenté con substrings y otras opciones, pero no logro realizarlo

- estoy trabado con esto hace un par de días, cualquier ayuda es bienvenida