Eliminar con INNER JOIN

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Ahora no entiendo tu relacion ya que quieres eliminar es en la tabla semestres por la cedula de la tabla materias, pero si lo haces creas una ambigüedad porque al eliminar el registro de la id automáticamente eliminas todos los registros de tu tabla materias, claro dependiendo de como tengas la relacion, asi que explica bien que registros son los que quieres eliminar