No solo debes utilizar etiquetas canonical, sino también evitar en las mismas que aparezcan parámetros dinámicos en la misma.
Es decir, establecería como canonical esto:
midominio.com/index.php
en lugar de esto:
midominio.com/index.php?var1=hola
Si quieres más información, lee lo que dice Google al respecto:
https://support.google.com/webmaster...r/139066?hl=es