El comando que uso para MP4 y me ha funcionado es:
Código:
ffmpeg -y -i {input} -s {scale} -qscale 15 -strict experimental -acodec aac -ab 96k -ac 2 -ar 22050 -vcodec libx264 -level 30 -r 24 -g 48 -b 384k -threads 64 {output}.mp4
Reemplaza:
{input} Ruta y nombre del archivo original
{scale} AnchoxAlto, ejemplo: 720x480
{output} Ruta y nombre de archivo final
Por supuesto, todos los parámetros dependen de tu versión de ffmpeg y sus respectivos códecs.