porque los registros del usuario_id me salen todos en zero

[xfxstudios]

primero tu tabla datos debes estructurarla con una PK es decir, debes tener la
id(autoincrement)->usuario_id->ruta->descripcion.

Supongamos que tienes iniciada la sesion:

Código PHP:

session_start();
 /* Creamos la sesión */
$_SESSION['usuario'] = $_POST['usuario'];
 /* Si no hay una sesión creada, redireccionar al index. */
 if(empty($_SESSION['usuario'])) { // Recuerda usar corchetes.
 header('Location: index.html');
 }
 

Luego buscamos el id del usuario:

Código PHP:

include("conexion.php");
 
$buscaid = $db->query("SELECT id FROM usuarios WHERE usuario = '$_SESSION[usuario]'";
$Row_buscaid = $buscaid->fetch_assoc();
if($buscaid){
  $idusuario = $row_buscaid['id']; //asignamos la id recuperada del usuario a la variable
}
 
//Creamos la insercion
$rutaEnServidor='imagenes';
$rutaTemporal=$_FILES['imagen']['tmp_name'];
$nombreImagen=$_FILES['imagen']['name'];
$rutaDestino=$rutaEnServidor.'/'.$nombreImagen;
move_uploaded_file($rutaTemporal,$rutaDestino);
 
$desc=$_POST['descripcion'];
 
$query = "INSERT INTO (usuario_id, ruta, descripcion) VALUES('$idusuario','$rutadestino','$desc')";
$result = $db->query($query);
if($result) {
   echo "datos insertados correctamente";
} else {
  echo "no se pudo insertar el registro";
}
 

Recuerda que el codigo de sesion es de ejemplo, ya que no posteaste como estas trabajando eso