¿Palabras clave o link con nombre de empresa directamente?

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Dudo mucho que sea un problema por los enlaces que empezaste a utilizar de manera diferente, en Google Webmasters está la herramienta que permite ver el promedio de las posiciones para las principales keywords y como fue cambiando a medida que pasó el tiempo como para poder analizar mejor.

También con esa herramienta podrás ver las posiciones de las principales keywords para dispositivos móviles, que puede haberte afectado si tu web no estaba adaptada.