PHP no tiene una única manera de hacer las cosas de forma correcta, cada uno trabaja como más comodo le sea.
Ambas son correctas, depende de la forma en la que vayas a trabajar.
Por ejemplo, en el primer caso, está abriendo php, iniciando el bucle, y cerrándolo:
Cita: <?php } while($fila=mysqli_fetch_assoc($resultado));?>
En este espacio en blanco puedes escribir etiquetas HTML directamente.
<?php }?>
En el caso, abre una vez nada más PHP y lo cierra:
Cita: <?php if ($resultado>0 && $search!='') {
<h2>REGISTROS</h2>
<table>TABLA</table>
do {
echo $fila['nombre']
} while($fila=mysqli_fetch_assoc($resultado));
Aquí tendrías que escribir las etiquetas HTML haciendo uso de echo, etc.., ya que estás dentro del lenguaje PHP.
}?>