Exacto: da lo mismo, pero no es igual.
Si el script que procesa el formulario está en un archivo diferente tiene otras ventajas:
- Puedes enviar datos desde cualquier otro formulario, vía ajax, etc.
- Puedes realizar pruebas de validación indirectamente.
Si haces todo en un mismo archivo entonces no podrás hacer nada de esto.
Además la regla de oro es y siempre será la misma.
Divide y vencerás.