Con el comando "date" solo modificas el reloj del sistema, El reloj de hard es totalmente independiente y como supongo que el del sistema debe estar en auto, al cabo de un tiempo toma la hora del hard(que es el principal).
Para modificar el del hard debes usar:
Pero lo ideal es que los dos estén sincronizados:
En servidores virtualizados con Xen, no es modificable.