Y si lo haces con un for que vaya de 100 en 100?
Código PHP:
Ver original<?php
//Cambias el 100000 por la cantidad de registros que tengas.
for ($i=0;$i<=100000;$i+=100)
{
$sql = "SELECT * FROM Tabla LIMIT ".$i.", 100";
//Aqui colocas el resto del codigo
//P ej puedes hacer fetch array y cargas todos los resultados en un array
//Y luego insertas en la otra tabla el array completo
}
?>