El caso es que si ejecutas el método
.submit(), se recarga la ventana y tu modal no tendrá tiempo para visualizarse. Lo que debes de hacer es buscar en la documentación del FancyBox el evento que se produce cuando se cierra el modal para que ahí ejecutes una función que realice el envío de los datos. También tienes como opción retrasar el envío mediante el método
.setTimeout(), así le podrás dar algunos segundo al modal para que se visualice antes de enviar los datos.
Saludos