Solucionado
El problema estaba, como bien sugeriste, en la hoja de estilos. Aunque no entiendo muy bien que pasaba y me da a mí que es más un problema del explorer que otra cosa. El caso es que dentro de las celdas tenía definido unos paddings en tamaño relativo para separar el texto de los bordes. Y ese era todo el problema, el iexplorer se hacía un lío con esos paddings y lo agigantaba todo. A sido quitarlos y desaparecer el problema.
Ahora los he puesto en absoluto y lo que tengo que hacer ahora es hacer que mejore un poco el aspecto de los menus en iexplorer, que deja bastante que desear.