Definitivamente hay algo interfiriendo, probé tu código exactamente como lo pasaste y funciona perfecto..
http://codepen.io/fede5426/pen/rVQbBB
La verdad no tengo idea de qué puede estar fallando..
Me gustaría ver el CSS del nav + la clase current si es posible, para ver si así puedo ayudar en algo..
Edito:
Probaste de agregar la libreria jquery al header.php directamente con una etiqueta script en lugar de traerlo con php?