¿Qué falla en este sistema de login?

[gnzsoloyo]

Seré curioso, pero ¿para qué pones la primera, si la segunda obtiene todo?
Estás consultando la misma tabla, con las mismas condiciones, ergo, la segunda obtiene el campo "rol" de neuvo...:

Código PHP:

$rol = mysql_query ("SELECT rol FROM usuarios WHERE user = '$user' AND clave = '$clave'",$conn);
$query = mysql_query ("SELECT * FROM usuarios WHERE user = '$user' AND clave = '$clave'",$conn);
 

Por otro lado, esto:

Código PHP:

if (!$query)
 

Sólo evalúa que la ejecución de esa consulta no haya devuelto un error, no que haya devuelto registros, que no es lo mismo.
Esa validación daría TRUE si la query vuelve vacía...

Código PHP:

if ($rol == 'A')
 

$rol no es un valor, es un result. Eso no te dará el resultado que quieres.

Deberías consultar el manual para ver como se recuperan los valores devueltos en un result. Es un error demasiado básico.