Reconstruir imagen

[FerminCacho]

Que va, el fallo no es ese, estoy completamente seguro de ello, nose si tal vez no me has entendido bien, la idea de reconstruir la imagen no es solamente a partir del archivo que guarda las permutaciones, si quisiera reconstruir la imagen a partir unicamente del archivo si llevas razon, tendria que guardar tambien el color, pero yo lo que tengo en mente es reconstruir la imagen, a partir de la imagen con "ruido" y a partir del archivo de permutaciones, es decir, el color del pixel lo tengo en la imagen, no en el archivo.
Si te fijas bien en el codigo, llamo a la funcion setRGB de la clase BufferedImage, para ello me hace falta la posicion x e y del pixel a tratar y el color RGB del mismo, asi que cuando paso de la imagen original a la imagen con ruido, a esta ultima le estoy pasando el color del pixel, tan solo he modificado su posicion; y lo mismo pasa cuando intento recuperar la imagen original a partir de la de ruido, hago la misma operacion pasandole el color.
El fallo debe de estar en otro lado.
Te agradezco mucho tu respuesta. Un saludo