Por lo que veo en esta
guía, lo que debes hacer, es particionar el disco duro, pero NO crear ninguna otra partición, es simplemente dejar un espacio sin asignar y en el proceso de instalación de Kali Linux, le indicas que use el espacio libre que encuentre. Kali Linux, se encargar del resto.
Si tu equipo windows tiene suficiente procesador y memoria RAM, yo optaría por realizar ese tipo de instalaciones con máquinas virtuales como VirtualBox y de esa forma me aseguro que no voy a perder mis datos.