El tiempo actual en milésimas de segundo podrías tomarlo con cualquiera de las
funciones de fecha y hora de PHP; una de ellas es la función
microtime. Podrías también usar dicha marca de tiempo como nombre y lo concatenarías con la carpeta en la que se guardará y el tipo de archivo:
Código PHP:
Ver original$destino = $carpetaDestino . microtime(true) . '.' . $_FILES['archivo']['type'][$i];
Saludos