Una observación si colocas la variable $i para ingresar el idProvincia no te va a funcionar, porque lo que necesitas es insertar el value del checkbox seleccionado no el índice que ocupa dentro del array y sería mejor si usaras un for each:
Código PHP:
Ver originalif(isset($_POST['codigo']) && !empty($_POST['codigo'])){ if(isset($_POST['descripcion']) && !empty($_POST['descripcion'])){ mysql_query("INSERT INTO cursos (idCurso,puntaje,descripcion,observaciones,mostrar) VALUES ('$codigo','$puntaje','$descripcion','$observaciones','$publicar');");
foreach($_POST['provComercializa'] as $provincia)
{
mysql_query("INSERT INTO cursoprovincia(idCurso,idProvincia) values ('$codigo','$provincia')"); }
}
}
Agrego: No olvides que los checkbox de las provincias deben tener en value un identificador único.