Pues tu mismo te estás contestando...
Si pasamos tu consulta a PHP:
Cita:
Iniciado por nicodelpelo 
[...] si el checkbox esta seleccionado en vez de buscar los datos ingresados en la tabla usuarios, los busque en la tabla empleado...
Código PHP:
if(isset($_POST['checkbox']) &&
$_POST['checkbox'] == 'seleccionado')
{
// consular a la tabla empleado
}
else
{
// consultar a la tabla usuarios
}
Y ahora te hago una pregunta, suponiendo que usuarios son personas, y empleados son personas
Si tienen mismas características ¿para que usar dos tablas, y dejar que ellos seleccionen si son o no empleados?
Si comparten la gran mayoría de datos, con tener un campo en el perfil que indique por ejemplo:
En una sola consulta obtienes los datos, regulas de forma inequívoca que es usuario o empleado y depues con hacer un simple
if($esEmpleado){} le muestras o no las vistas que quieras, el login, permisos o lo que sea.
Es una opinión personal eh!.
Saludos,