Sería algo así:
Código PHP:
Ver originalforeach($miarray as $element):
$array2['alu_id'] = $element['alu_id'];
$array2['nombres'] = $element['nombres'];
$array2['mat_id'] = $element['mat_id'];
$array3[0] = $element['cri_id'];
$array3[1] = $element['not_nota'];
$array2['notas'] = $array3;
$array[] = $array2;
endforeach;