Problema para crear un JSON

[pateketrueke]

Sigues sin acumular nada, repites json_encode() en cada vuelta del while() y ese sigue siendo un error.

Acumula los arrays que creas dentro del while() en otro array auxiliar, al finalizar el while() es dicho array auxiliar el acumulado de todo.

Piensa un poco más cómo haces las cosas.