Cita:
Iniciado por yanguel 
unos archivos dll dentro de la carpeta bin, así como un archivo .pdb
¿Son archivos compilados quizá?
Efectivamente estos son binarios compilados, generalmente a IL, que es un lenguaje intermedio que luego es compilado a código nativo mediante JIT y ejecutado por el CLR, el runtime de .Net.
A diferencia de PHP, el código de .Net se compila, no se interpreta. Esto hace que .Net tenga un rendimiento terriblemente superior a PHP, entre otras ventajas.
Cita:
Iniciado por yanguel Mi pregunta es si para mantener/modificar este sitio web necesito que me faciliten 'las fuentes'
Efectivamente esto sería lo más conveniente, y si no es posible hay formas alternativas, como usar un descompilador (
http://de4dot.com/) para obtener el fuente a partir de los binarios.
Otra cosa: Se dice javascript, no "script java", ya que java y javascript son cosas totalmente distintas.