Aunque quede la carpeta windows.old, ya queda un SO sucio y no como debe ser.
Tengo años usando RUFUS y nunca me ha dado problemas de ningún tipo. Es importante decir que debes conectar la llave USB en la parte trasera del equipo porque es ahí donde llega realmente todo el voltaje para la llave. Los puertos USB frontales, no lo generan bien y por lo tanto, puede que sea tu problema de lectura del dispositivo.
La herramienta de Micro$oft para generar llaves USB booteables, solo funciona si la imagen ISO es completamente original
sin ningún tipo de alteraciones.
No es necesario que el disco tenga o no información, ya que si seleccionas instalación personalizada, ahí podes eliminar todas las particiones y volverlas a crear.
Otra forma 100% funcional para crear una llave USB booteable, es manualmente como esta guía en el método 2:
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Windows: Crear una memoria USB de instalación
Lo importante, luego de instalado, es que apliques
todas las actualizaciones de windows.