Buenas,
Salvo que tengas instalados plugins, no hay ningun problema en descargarla y abrir tu workspace con ella. Te avisara de que va a actualizar tu workspace a una nueva version y que a partir de ese momento puedes tener problemas si intentas abrirlo con luna.
A mi me ha ido como la seda y eso que manejo workspaces complejos con decenas de proyectos con maven, git, etc. Yo he descargado la nueva version, no he actualizado. Asi sigo teniendo la version antigua si la necesito.
En el caso de Java incorpora bastantes mejoras en los asistentes, sobre todo respecto a los lambdas de Java 8. Aqui tienes una lista de las mejoras mas importantes para los distintos lenguajes:
http://www.eclipse.org/mars/noteworthy/
Lo mejor, como siempre, es probar. Hazte una copia de tu workspace y trabaja con ella en mars. Si te va bien, entonces ya puedes trabajar sobre el workspace real.
Un saludo