Que tal sacris1
Puedes usar la libreria LinqToExcel o ExcelDataReader, que los agregas a tu proyecto desde el Nuget, te pongo documentación que te permite trabajar en las hojas, y obtener los datos.
Si las columnas son iguales en ambos documentos pero la información puede cambiar, quizas sea conveniente crear un objeto y llenarlo y posteriormente compararlo.
http://www.codeproject.com/Articles/...ng-LinqToExcel https://exceldatareader.codeplex.com/
Espero te pueda servir.
Saludos
