Primero debes entender una cosa muy importante acerca de lo que los robots buscan en tu web:
Sólo buscan enlaces, enlaces que tu mismo coloques, enlaces que van en tags de html <a>
¿Has colocado un enlace directo a tu conexion.php en tu web?
Si no, entonces no tienes nada de que preocuparte, ningún robot es adivino ni descubrirá que tienes archivos .php.
Cita: ¿Debo bloquear la carpeta conexiones sin bloquear el archivo conexion.php directamente?
No, por supuesto que no.
Dicha carpeta sólo la usas internamente en tus scripts de php, si no la expones a través de enlaces será completamente invisible para los robots.
Cita: Espero disculpen lo estúpido de la pregunta.
