Pues depende de lo que tengas que hacer.
Si lo que vas a hacer es conectarte con servicios ya existentes, tú no decides, tendrás que adaptarte a cada servicio.
Si tú vas a ofrecer el servicio, piensa en quién se va a comunicar contigo y para qué es el servicio. Actualmente se está tendiendo a Rest porque es más sencillo, pero es menos potente que SOAP.
http://inusual.com/articulos/rest-vs...cio-de-la-web/ https://dzone.com/articles/web-services-architecture
Los webservice están pensados precisamente para interconectar sistemas, por lo que evidentemente puedes conectar java, php, javascript, etc