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Iniciado por gnzsoloyo 
Da la impresión de que estás hablando de un portal de empresas de diversos rubros, y en ese sentido no estas dando demasiada información útil.
Desde ya, una base de usuarios unificada, y estructuras de BBDD diferenciadas sólo tienen sentido en un portal, y con empresas que posean una estructura de datos necesaria totalmente diferentes e incompatibles entre si, y especialmente siendo empresas que no pertenecen al mismo titular (individuo o sociedad). De lo contrario estarías replicando estructuras de datos, y complicando la vida de la aplicación.
Describe mejor los escenarios de esas empresas y veamos si la idea cuadra. De lo contrario hay que mirar la cosas desde otro ángulo.
Si las empresas no son de la misma sociedad sin embargo los datos que van a manejar son los mismos. Por ejemplo un usuario se loguea y en la variable Session va a estar la base de datos a la cual se puede conectar.