Entiende que php no puede "detectar nada por ti", es un error pensar que lo hará sólo porque lo imaginas.
No, dicha función (str_pad) no entiende saltos de linea, entiende cadenas de texto únicamente.
El salto de linea es sólo un carácter más para la computadora.
Si necesitas un comportamiento especial entonces debes programarlo para que así sea.
Bien, entonces podrías usar explode() para cortar el texto en lineas y convertirlo en un array, luego usas un foreach() para aplicar str_pad() por cada elemento y reagrupas el array.
Al final puedes volver a unir todo en una sola cadena de texto con join(), etc.
La programación no es magia: es lógica.
Cita: el hacer que reconozca varios valores separados por nuevas lineas
¿Por qué siempre la necedad tuya de querer sacar agua de las piedras?
